Vale a pena ter esse comando sempre por perto.
1. Abra seu terminal (Ctrl + Alt + t).
2. Execute o comando:
setxkbmap -model abnt2 -layout br -variant abnt2
E pronto, simples assim!
Fonte: https://www.vivaolinux.com.br/dica/Problemas-com-acentuacao-teclado-desconfigurado-Ubuntu