Essa é uma funcionalidade chamada Notification, que no momento é suportada, no desktop, pelos browsers Firefox, Chrome e Safari. No Stackoverflow achei a seguinte solução:
function notify() {
Notification.requestPermission(function() {
var notification = new Notification("Título da notificação", {
icon: 'http://www.url-da-imagem.com.br',
body: "Texto da notificação"
});
notification.onclick = function() {
window.open("http://www.seu-link.com.br");
}
});
}
Assim é só chamar a função notify() onde desejar.
Fonte: http://www.tigurio.com.br/criando-notificacoes-de-desktop-para-seu-site/