Removendo BOM de um arquivo
Opção 01
tail --bytes=+4 text.txt
Opção 02
awk '{if(NR==1)sub(/^\xef\xbb\xbf/,"");print}' text.txt
Removendo BOM de multiplos arquivos
Opção 01
find . -type f -exec sed '1s/^\xEF\xBB\xBF//' -i.bak {} \; -exec rm {}.bak \;
Opção 02
find . -type f -exec tail --bytes=+4 {} \;
Pode ser que ao executar o comando acima os arquivos fiquem somente com a permissão de leitura, se isso acontecer altere a permissão em massa dos arquivos.
# muda a permissão de todos os arquivos para 644
find . -type f -exec chmod 644 {} \;